서열 붙여넣기 → 추천 primer 쌍 · Tm·GC·dimer·hairpin 점검 · NCBI Primer-BLAST로 특이성 확인
무료 · 브라우저에서만 계산
1. 주형 서열
증폭할 유전자의 mRNA(cDNA) 서열을 붙여넣으세요. FASTA(>로 시작하는 줄)나 GenBank 서열도 그대로 됩니다. 서열은 NCBI Gene/Nucleotide에서 "FASTA"로 복사할 수 있습니다.
2. 목적
세부 조건 (보통은 그대로 두세요)
산물 크기 – bp · 목표 Tm °C (± )
꼭 포함할 구간 – (예: 녹다운 서열이나 돌연변이 위치. 비우면 어디든)
primer 서열
주형 서열 넣기 (선택 — 산물 크기와 위치를 계산)반응 조건 (Tm 계산에 씀 — 보통 그대로)
Na⁺/K⁺ mM · Mg²⁺ mM · dNTP mM · primer nM
기본값은 널리 쓰이는 Primer3와 같은 조건입니다. qPCR master mix는 Mg²⁺가 3 mM 안팎이라 실제 Tm이 1~3 °C 높게 나옵니다. 제조사마다 계산기가 달라 몇 도씩 차이 나는 것은 정상입니다.
특이성은 BLAST로 확인하세요
이 도구는 primer 자체의 성질(Tm·GC·dimer)을 봅니다. 다른 유전자에도 붙는지(특이성)는 전체 유전체와 비교해야 하므로 NCBI Primer-BLAST에서 확인합니다. 아래 결과의 "Primer-BLAST로 확인" 버튼을 누르면 primer가 채워진 NCBI 페이지가 새 창으로 열립니다 — 이때만 서열이 NCBI로 전달되며, 이 사이트는 아무것도 보내지 않습니다. 사용법은 Primer-BLAST 사용법 가이드에 그림과 함께 정리했습니다.