현미경 이미지를 분석용으로 내보내는 법

1. 원본 파일은 반드시 보관

Zeiss는 .czi, Leica는 .lif, Nikon은 .nd2처럼 장비 고유 형식에는 채널, 비트 깊이, 픽셀 크기, 촬영 조건 같은 메타데이터가 모두 들어 있습니다. 분석용으로 TIFF를 내보내더라도 원본은 따로 보관하세요. 논문 심사나 재분석 때 필요합니다.

2. 분석용으로 좋은 내보내기 형식

• 채널별 흑백 TIFF: 파일 이름 끝에 _ch00, _c1, _DAPI처럼 채널이 표시되게 저장합니다.
• 원래 비트 깊이 유지(12/16-bit): 8-bit로 줄이면 약한 신호 구분이 떨어집니다.
• OME-TIFF: 여러 채널과 메타데이터를 한 파일에 담는 표준 형식입니다.
• 합성(merge) RGB 이미지는 발표용입니다. 분석에는 채널별 파일이 더 정확합니다.

3. Zeiss ZEN과 Leica LAS X에서

메뉴 이름은 버전마다 조금씩 다를 수 있습니다.

• Zeiss ZEN: File → Export(또는 Processing의 Image Export / Batch 기능)에서 TIFF를 고르고, 채널을 따로 저장하는 옵션과 원래 비트 깊이 옵션을 선택합니다. 주석·스케일바 포함 옵션은 끕니다.
• Leica LAS X: 이미지를 우클릭 → Export에서 TIFF를 고르고, 채널별 저장(흑백)과 원본 데이터(raw) 옵션을 선택합니다. 주석(overlay) 포함 옵션은 끕니다.

4. 흔한 함정

• 표시 보정이 저장됨: 화면에서 밝기를 올린 상태로 "보이는 그대로" 내보내면 원래 값이 사라집니다.
• 주석이 이미지에 박힘: 화살표, 글씨, 스케일바가 픽셀로 들어가면 분석에 섞입니다.
• JPEG 저장: 압축 때문에 작은 점 신호가 번집니다.
• z-stack: 한 층만 쓰면 다른 층의 신호를 놓칩니다. 최대값 투영(MIP)으로 합치는 것이 일반적입니다.