내 컴퓨터로 NGS 분석

FASTQ는 올리지 않음 · 내 PC의 CPU로 실행 · sample sheet와 실행 스크립트 자동 생성 · 결과는 WetLab Kit 도구로
무료 · 데이터는 내 컴퓨터에만
① 여기서 설정분석 종류와 FASTQ 파일 이름만 알려 주세요. 파일 내용은 읽지 않습니다.
② 내 PC에서 실행만들어진 스크립트를 한 줄로 실행하면 검증된 공개 파이프라인(nf-core)이 내 CPU로 분석합니다. 데이터는 밖으로 나가지 않습니다.
③ 결과를 가져와 그래프결과 표(유전자 count·분류군 표)를 WetLab Kit 도구에 올리면 DEG·volcano·다양성 분석까지 이어집니다.
왜 브라우저에서 바로 하지 않나요? FASTQ 정렬·정량은 수십 GB 메모리와 몇 시간의 계산이 필요해 브라우저 탭 하나로는 부족합니다. 대신 각자의 컴퓨터에서 전용 프로그램을 돌리면 CPU 코어를 모두 쓸 수 있고, 데이터도 서버에 올릴 필요가 없습니다. 분석 파이프라인은 전 세계 연구실이 쓰는 nf-core(오픈소스, 버전 고정)를 그대로 사용합니다.

1분석 종류

💡 FASTQ 품질만 빠르게 보고 싶다면 설치 없이 RNA-seq 도구에 FASTQ를 끌어 놓으면 브라우저에서 바로 품질검사(Illumina·MGI 판별 포함)를 합니다.

2내 컴퓨터

운영체제 CPU 코어 개 · 메모리(RAM) GB

3데이터

생물종
genome FASTA 주소 GTF 주소
증폭 부위 (primer)
Forward Reverse
FASTQ가 있는 폴더
또는 파일 이름 붙여넣기
샘플 이름은 표에서 바로 고칠 수 있습니다. 같은 샘플의 여러 lane(L001, L002…) 파일은 한 샘플로 자동으로 합쳐집니다.

4설치 (처음 한 번만)

5실행

6결과를 WetLab Kit으로