DEG 기준
세부 설정
발현이 거의 없는 유전자는 배수가 크게 튀어도 의미가 적어 제외합니다. 1 ≈ 정규화값(CPM 등) 1. 0이면 끔.
기준 설명 보기
Fold change 2배: 대조군 대비 2배 이상 늘거나(증가) 절반 이하로 준(감소) 유전자. log₂FC로는 ±1.
p-value < 0.05: 분석 업체 보고서에서 흔히 쓰는 기준입니다.
FDR: 수만 개 유전자를 한꺼번에 검정할 때 생기는 우연한 양성을 보정한 값입니다. 더 엄격해서 DEG 수가 줄어들고, 논문 심사에서는 FDR을 요구하는 경우가 많습니다.
반복이 없는(그룹당 1개) 데이터는 p값을 구할 수 없어 Fold change로만 선별합니다.
p-value < 0.05: 분석 업체 보고서에서 흔히 쓰는 기준입니다.
FDR: 수만 개 유전자를 한꺼번에 검정할 때 생기는 우연한 양성을 보정한 값입니다. 더 엄격해서 DEG 수가 줄어들고, 논문 심사에서는 FDR을 요구하는 경우가 많습니다.
반복이 없는(그룹당 1개) 데이터는 p값을 구할 수 없어 Fold change로만 선별합니다.
유전자 묶음으로 거르기
관심 있는 유전자 목록이나 경로(pathway)에 속한 유전자만 보고 싶을 때 씁니다.
DEG 목록
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DEG 표
현재 기준으로 선별한 유전자와 배수·p값·평균 발현량
기능 분석용 유전자 목록
유전자 이름만 한 줄에 하나씩. DAVID·Enrichr·g:Profiler에 붙여넣어 GO·pathway 분석
DAVID · Enrichr · g:Profiler (새 창)
GSEA 입력 파일
현재 비교의 두 그룹 전체 유전자 발현값(.gct)과 샘플 정보(.cls). 그룹당 3개 이상 반복 권장
KEGG Mapper 색칠 파일
Entrez ID와 증가(빨강)·감소(파랑) 색. KEGG Mapper – Color에 붙여넣기
KEGG Mapper – Color (새 창)
발표 자료
그릴 수 있는 그래프를 모두 담은 PowerPoint (그래프마다 1장)